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Run: SRR11349201
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Run ID: SRR11349201

Sample name:

Date: 02-04-2023 20:55:31

Number of reads: 2890197

Percentage reads mapped: 69.51

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Tyr missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247728 p.Glu405Asp missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.99
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.37
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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