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Run: SRR13199734
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Run ID: SRR13199734

Sample name:

Date: 03-04-2023 08:23:20

Number of reads: 783179

Percentage reads mapped: 46.33

Strain: La1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.2 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764742 p.Lys458Arg missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472253 n.408G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472518 n.673G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472544 n.699C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472606 n.761C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472645 n.800G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472969 n.1125delC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473648 n.-10T>C upstream_gene_variant 0.25
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475567 n.1910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475871 n.2214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475881 n.2224T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475895 n.2238C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475914 n.2257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475916 n.2259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475920 n.2263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475924 n.2267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475933 n.2276C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475939 n.2282G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475944 n.2287G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476209 n.2552A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476242 n.2585C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476265 n.2608G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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