TB-Profiler result

Run: SRR6981993
Summary

Run ID: SRR6981993

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:23:59

Number of reads: 448050

Percentage reads mapped: 42.6

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
ethA 4326323 c.1150delG frameshift_variant 0.12 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7275 c.-27C>A upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761326 p.Glu507Val missense_variant 0.17
rpoC 764352 c.986_988delAGC disruptive_inframe_deletion 0.14
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765084 c.1716delT frameshift_variant 0.11
rpoC 766163 p.Glu932* stop_gained 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777088 p.Ile465Phe missense_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407047 c.294C>G synonymous_variant 0.14
embR 1417248 c.99delC frameshift_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474245 n.588G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475163 n.1506T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475188 n.1531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476638 n.2981C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476656 n.2999G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rpsA 1834545 p.Asp335Gly missense_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2101670 p.Ser458Ile missense_variant 0.13
PPE35 2168858 c.1755T>C synonymous_variant 0.22
PPE35 2169240 p.Pro458His missense_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860455 c.-37T>A upstream_gene_variant 0.22
ribD 2987244 p.Thr136Ala missense_variant 0.2
ribD 2987490 p.Tyr218His missense_variant 0.1
Rv2752c 3065086 p.Arg369Met missense_variant 0.15
thyX 3067341 p.Glu202Val missense_variant 0.12
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
thyA 3073873 p.Ile200Thr missense_variant 0.11
thyA 3073982 p.Tyr164His missense_variant 0.12
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3338984 c.-134T>C upstream_gene_variant 0.15
fbiD 3339636 c.519G>A synonymous_variant 0.12
Rv3083 3449726 p.Arg408Gln missense_variant 0.15
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568773 c.-94G>A upstream_gene_variant 0.15
Rv3236c 3612819 p.Asn100Asp missense_variant 0.15
Rv3236c 3612942 p.Ala59Thr missense_variant 0.12
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4241548 c.1686T>C synonymous_variant 0.11
embC 4241622 p.Thr587Ile missense_variant 0.22
embC 4241797 p.Asn645Lys missense_variant 0.13
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242983 p.Arg1041Cys missense_variant 0.11
embA 4244265 c.1033C>A synonymous_variant 0.12
embA 4245603 p.Gly791Arg missense_variant 0.12
aftB 4267693 c.1143delG frameshift_variant 0.33
aftB 4268232 p.Ile202Thr missense_variant 0.14
aftB 4268269 p.Ala190Thr missense_variant 1.0
aftB 4268468 c.369G>T synonymous_variant 0.2
ubiA 4269491 p.Ala115Ser missense_variant 0.17
aftB 4269810 c.-974A>G upstream_gene_variant 0.1
ethA 4326830 p.Gln215Arg missense_variant 0.12
ethA 4328213 c.-740C>A upstream_gene_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0