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Run: SRR6982418
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Run ID: SRR6982418

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:36:47

Number of reads: 451435

Percentage reads mapped: 27.19

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490738 c.-45C>T upstream_gene_variant 0.15
mshA 576177 p.Leu277Arg missense_variant 0.11
rpoB 759856 p.Arg17His missense_variant 0.14
rpoC 763634 p.Arg89Ser missense_variant 0.12
rpoC 764359 c.990C>A synonymous_variant 0.2
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777201 p.Ala427Val missense_variant 0.14
mmpL5 778600 c.-120C>T upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 778937 c.-457G>T upstream_gene_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781548 c.-12G>T upstream_gene_variant 0.13
rplC 800651 c.-158G>A upstream_gene_variant 0.14
fbiC 1303074 p.Met48Ile missense_variant 0.15
Rv1258c 1407069 c.271delC frameshift_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472851 n.1006A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472856 n.1011T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472859 n.1014G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472879 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
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