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Run: ERR10796568
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Run ID: ERR10796568

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:39

Number of reads: 53578

Percentage reads mapped: 99.95

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 762866 c.-504C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762870 p.Met1022Gln missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 1.0
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762940 p.Met1045Thr missense_variant 0.5
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471866 n.21C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472398 n.553T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476209 n.2552A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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