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Run: ERR4819096
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Run ID: ERR4819096

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:55:29

Number of reads: 3695528

Percentage reads mapped: 78.62

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.1
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.24
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.22
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.2
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.16
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.18
rrl 1473781 n.126_127delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473788 n.131A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473797 n.140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473807 n.150T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473811 n.154C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473840 n.183A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473951 n.294G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474753 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474766 n.1109A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
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