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Run: ERR4819948
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Run ID: ERR4819948

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Date: 01-04-2023 16:23:51

Number of reads: 2155797

Percentage reads mapped: 77.25

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.12
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 763067 c.-303C>G upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.2
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 763109 c.-261C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.15
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.15
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.2
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.19
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.18
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.11
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.11
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.26
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.34
rpoC 764632 c.1263T>A synonymous_variant 0.32
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.37
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.37
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.36
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.38
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.39
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.38
rpoC 764683 c.1314G>C synonymous_variant 0.3
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.3
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.26
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474363 n.706A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474365 n.708G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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