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Run: ERR5908124
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Run ID: ERR5908124

Sample name:

Date: 02-04-2023 00:50:22

Number of reads: 1809692

Percentage reads mapped: 84.85

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
ccsA 620295 c.405G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472297 n.453_461delGTCCGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472309 n.464C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472310 n.465T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472312 n.468_470delGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472685 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475759 n.2102C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476088 n.2431A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476089 n.2432T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476100 n.2443A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476113 n.2456T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476267 n.2610G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476276 n.2619C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1833979 c.438T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1833991 c.450C>G synonymous_variant 0.13
rpsA 1834009 c.468C>T synonymous_variant 0.12
rpsA 1834012 c.471G>T synonymous_variant 0.12
rpsA 1834015 c.474G>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834030 c.489C>G synonymous_variant 0.11
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.11
rpsA 1834303 c.762T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.12
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.12
rpsA 1834321 c.780C>G synonymous_variant 0.15
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834354 c.813G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834357 c.816T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834378 c.837T>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1834395 p.Arg285Gln missense_variant 0.14
rpsA 1834405 c.864C>T synonymous_variant 0.14
rpsA 1834411 c.870T>G synonymous_variant 0.14
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rpsA 1834423 c.882G>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834427 p.Ile296Val missense_variant 0.15
rpsA 1834447 c.906C>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1834451 c.910_912delTTGinsCTC synonymous_variant 0.11
rpsA 1834456 c.915T>C synonymous_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169149 c.1464G>C synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448500 c.-4A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448501 c.-3G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878630 c.-123G>C upstream_gene_variant 0.16
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 0.98
clpC1 4039865 c.840T>C synonymous_variant 0.15
clpC1 4039871 c.834C>G synonymous_variant 0.15
clpC1 4039874 p.Asn277Arg missense_variant 0.14
clpC1 4039904 c.801A>G synonymous_variant 0.15
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0