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Run: ERR8774355
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Run ID: ERR8774355

Sample name:

Date: 02-04-2023 08:28:04

Number of reads: 3576120

Percentage reads mapped: 86.36

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.99 streptomycin
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288853 c.380_388delAGGTCGATG disruptive_inframe_deletion 0.94 pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
rpoC 766744 p.Gln1125His missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.99
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472188 n.343A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472289 n.444T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472291 n.446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472295 n.450A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472299 n.454T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472303 n.458_459insA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472309 n.465dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472329 n.484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472337 n.492C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473065 n.1220C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473093 n.1248_1249insG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473273 n.1428G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473275 n.1430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473278 n.1433T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473299 n.1455delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473303 n.1459delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474657 n.1000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474658 n.1001A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474673 n.1016T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474693 n.1036C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474708 n.1052dupG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474712 n.1055G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474713 n.1056T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474716 n.1059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474818 n.1161A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475740 n.2083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475763 n.2107_2112delAAGGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475777 n.2120A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475982 n.2325G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475983 n.2326T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475996 n.2339T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476267 n.2610G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476268 n.2611A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476276 n.2619C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476325 n.2668A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073715 p.Pro253Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4326533 p.Thr314Ile missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0