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Run: ERR2660499
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Run ID: ERR2660499

Sample name:

Date: 31-03-2023 22:52:23

Number of reads: 711019

Percentage reads mapped: 24.25

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6965 p.Ser576Gly missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763535 p.Arg56Ser missense_variant 0.13
rpoC 763591 p.Ile74Met missense_variant 0.1
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764353 c.984G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764371 c.1002G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764377 c.1008C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764381 c.1012_1013delTCinsAG synonymous_variant 0.13
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 0.12
rpoC 764410 c.1041G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764452 c.1083T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764461 p.Glu364Asp missense_variant 0.12
rpoC 764471 p.Asn368Gln missense_variant 0.12
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775960 p.Ile841Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472256 n.411T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472668 n.824dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472672 n.828_838delTTTCCTTCCTT non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472690 n.845_846insACCCCTCG non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472845 n.1000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1472878 n.1034delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473289 n.1444T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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