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Run ID: ERR4818128

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Date: 01-04-2023 15:23:07

Number of reads: 847553

Percentage reads mapped: 78.04

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761089 p.Ser428Thr missense_variant 0.11 rifampicin
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.12 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7166 p.Ala643Thr missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8028 p.Ala243Ser missense_variant 0.13
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491464 p.Met228Val missense_variant 0.13
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576221 p.Gly292Arg missense_variant 1.0
ccsA 619973 c.94_96delCTG conservative_inframe_deletion 0.14
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.22
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760892 c.1086C>T synonymous_variant 0.13
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.14
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762266 c.2460T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762273 p.Ala823Ser missense_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.13
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763109 c.-261C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.15
rpoC 763124 c.-246C>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763127 c.-243G>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763585 c.216C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763606 c.237C>A synonymous_variant 0.13
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.14
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.1
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.12
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.17
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.13
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.14
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 0.14
rpoC 764410 c.1041G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764424 p.Asn352Thr missense_variant 0.14
rpoC 764428 c.1059G>A synonymous_variant 0.13
rpoC 764431 c.1062G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGC synonymous_variant 0.13
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.13
rpoC 764455 c.1086G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.12
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.22
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766677 p.Asp1103Val missense_variant 0.12
rpoC 766759 c.3390G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 767041 c.3672G>A synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 779076 c.-596G>T upstream_gene_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781643 c.84G>C synonymous_variant 0.1
fbiC 1304626 p.Ala566Ser missense_variant 0.12
fbiC 1304756 p.Leu609Pro missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.17
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474468 n.811G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474479 n.822A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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