Run ID: ERR4819641
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:13:30
Number of reads: 428729
Percentage reads mapped: 22.53
Strain: lineage4.6.2.2
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.2 | Euro-American | T;LAM | RD726 | 1.0 |
lineage4.6.2.2 | Euro-American (Cameroon) | LAM10-CAM | RD726 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
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fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
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gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
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rpoC | 764650 | c.1281G>T | synonymous_variant | 0.36 |
rpoC | 764656 | c.1287C>A | synonymous_variant | 0.27 |
rpoC | 764662 | c.1293G>C | synonymous_variant | 0.23 |
rpoC | 764664 | p.Val432Gly | missense_variant | 0.23 |
rpoC | 764671 | c.1302G>C | synonymous_variant | 0.25 |
rpoC | 764692 | c.1323C>T | synonymous_variant | 0.22 |
rpoC | 764703 | p.Lys445Ser | missense_variant | 0.22 |
rpoC | 764706 | p.Leu446Gln | missense_variant | 0.25 |
rpoC | 764713 | c.1344G>C | synonymous_variant | 0.33 |
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mmpR5 | 778298 | c.-692C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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