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Run: ERR4819641
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Run ID: ERR4819641

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Date: 01-04-2023 16:13:30

Number of reads: 428729

Percentage reads mapped: 22.53

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.27
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.27
rpoC 764644 c.1275G>T synonymous_variant 0.3
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.36
rpoC 764656 c.1287C>A synonymous_variant 0.27
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764664 p.Val432Gly missense_variant 0.23
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764703 p.Lys445Ser missense_variant 0.22
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.25
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304240 p.Glu437Gly missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472427 n.582T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472564 n.719A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473107 n.1262G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473116 n.1271A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473259 n.1414C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1473695 n.39_40delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473700 n.43G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473702 n.45_46insGA non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473717 n.60G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473748 n.91A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473751 n.94C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474405 n.749delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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