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Run: ERR4830549
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Run ID: ERR4830549

Sample name:

Date: 01-04-2023 20:17:43

Number of reads: 5058401

Percentage reads mapped: 87.97

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.99 rifampicin
rrs 1472723 n.878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 0.98 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288782 p.Arg154Gly missense_variant 0.99 pyrazinamide
ald 3087278 c.464delG frameshift_variant 1.0 cycloserine
embA 4243217 c.-16C>G upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 0.99 ethambutol
ethA 4326279 c.1192_1194dupGTG conservative_inframe_insertion 0.99 ethionamide
ethA 4326604 c.869dupA frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.33
rpoB 762285 p.Arg827Cys missense_variant 0.97
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781435 c.-125G>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472664 n.819A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473107 n.1262G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473116 n.1271A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473259 n.1414C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473295 n.1450G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475766 n.2109G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476357 n.2700T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.33
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878630 c.-123G>C upstream_gene_variant 0.17
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.19
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338289 p.Gly78Glu missense_variant 0.99
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407798 c.405G>T synonymous_variant 0.96