Run ID: ERR4830549
Sample name:
Date: 01-04-2023 20:17:43
Number of reads: 5058401
Percentage reads mapped: 87.97
Strain: lineage4.1.1.3
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
lineage4.1.1.3 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.99 | rifampicin |
rrs | 1472723 | n.878G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 0.98 | isoniazid, ethionamide |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288782 | p.Arg154Gly | missense_variant | 0.99 | pyrazinamide |
ald | 3087278 | c.464delG | frameshift_variant | 1.0 | cycloserine |
embA | 4243217 | c.-16C>G | upstream_gene_variant | 1.0 | ethambutol |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 0.99 | ethambutol |
ethA | 4326279 | c.1192_1194dupGTG | conservative_inframe_insertion | 0.99 | ethionamide |
ethA | 4326604 | c.869dupA | frameshift_variant | 1.0 | ethionamide, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.33 |
rpoB | 762285 | p.Arg827Cys | missense_variant | 0.97 |
rpoC | 764650 | c.1281G>T | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781435 | c.-125G>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472148 | n.303T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiD | 3339734 | p.Ala206Gly | missense_variant | 0.33 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoA | 3878630 | c.-123G>C | upstream_gene_variant | 0.17 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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embB | 4249408 | c.2895G>A | synonymous_variant | 1.0 |
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gid | 4407798 | c.405G>T | synonymous_variant | 0.96 |