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Run: SRR15276982
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Run ID: SRR15276982

Sample name:

Date: 03-04-2023 12:41:39

Number of reads: 1866017

Percentage reads mapped: 88.92

Strain: lineage3

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288824 c.417dupG frameshift_variant 1.0 pyrazinamide, pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.21
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 765461 p.Asn698His missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpR5 779119 c.131_132delTG frameshift_variant 0.25
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1461231 p.Ala63Pro missense_variant 0.69
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169776 p.Phe279Leu missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.19
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.2
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
eis 2714502 c.831C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
thyA 3074513 c.-42C>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
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embB 4246542 p.Ser10Asn missense_variant 0.4
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0