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Run: SRR18002872
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Run ID: SRR18002872

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:07:06

Number of reads: 2499998

Percentage reads mapped: 60.56

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7581 p.Asp94Asn missense_variant 0.98 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.97 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.97 streptomycin
tlyA 1918574 c.636delG frameshift_variant 0.99 capreomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289090 p.His51Arg missense_variant 0.97 pyrazinamide
eis 2715342 c.-10G>A upstream_gene_variant 0.4 kanamycin
eis 2715346 c.-14C>T upstream_gene_variant 0.48 kanamycin, amikacin
embB 4247574 p.Asp354Ala missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.37
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
rpoC 764817 p.Val483Ala missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473258 n.1413T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473263 n.1418A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473282 n.1438_1444delTAACCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474118 n.461G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476411 n.2754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476463 n.2806C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246555 c.42G>C synonymous_variant 0.17
embB 4246556 p.Ala15Pro missense_variant 0.17
embB 4246563 p.Leu17Trp missense_variant 0.22
embB 4246567 c.54G>T synonymous_variant 0.19
embB 4247828 p.Ala439Thr missense_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
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