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Run: SRR2101689
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Run ID: SRR2101689

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:51:45

Number of reads: 771738

Percentage reads mapped: 43.72

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsA 1834962 p.Arg474Leu missense_variant 0.13 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576393 p.Pro349Leu missense_variant 0.14
ccsA 620575 p.Ala229Ser missense_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406360 c.981C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1129_1130delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476638 n.2981C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169925 c.679_687delATCGGCAAC conservative_inframe_deletion 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067511 p.Glu145Asp missense_variant 0.14
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474274 p.Pro90Thr missense_variant 0.17
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
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