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Run: SRR6982213
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Run ID: SRR6982213

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:30:46

Number of reads: 830925

Percentage reads mapped: 46.71

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.99
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1472991 n.1146G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476629 n.2972C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476637 n.2980C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339580 p.Gly155Cys missense_variant 0.12
Rv3083 3448794 p.Lys97Asn missense_variant 0.2
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
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