Run ID: 0f20eaa6-cd70-4570-9a47-2fffdb176852
Sample name:
Date: 18-06-2023 16:19:40
Number of reads: 2017872
Percentage reads mapped: 74.32
Median coverage: 51
Strain: lineage4.5
Spoligotype:
Drug-resistance: Other
Lineage | Family | RDs | Frequency |
---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | None | 1.0 |
lineage4.5 | Euro-American | RD122 | 1.0 |
Drug | Resistance | Supporting mutations | WHO confidence | Comment |
---|---|---|---|---|
rifampicin | ||||
isoniazid | ||||
ethambutol | ||||
pyrazinamide | ||||
moxifloxacin | ||||
levofloxacin | ||||
bedaquiline | ||||
delamanid | ||||
pretomanid | ||||
linezolid | ||||
streptomycin | rrs | n.799C>T | Uncertain significance | |
amikacin | rrs | n.1402C>A | Uncertain significance | |
kanamycin | rrs | n.1402C>A | Uncertain significance | |
capreomycin | rrs | n.1402C>A | Uncertain significance | |
clofazimine | ||||
ethionamide | ||||
para-aminosalicylic_acid | ||||
cycloserine |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs | Confidence | Comment |
---|---|---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | streptomycin | Uncertain significance | |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | kanamycin | Uncertain significance | |
capreomycin | Uncertain significance | ||||||
aminoglycosides | Uncertain significance | ||||||
amikacin | Uncertain significance |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs | Confidence |
---|---|---|---|---|---|---|
gyrB | 6071 | p.Phe278Leu | missense_variant | 0.1 | fluoroquinolones | |
moxifloxacin | ||||||
levofloxacin | ||||||
ciprofloxacin | ||||||
ofloxacin | ||||||
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 | fluoroquinolones | |
moxifloxacin | Uncertain significance | |||||
levofloxacin | Uncertain significance | |||||
ciprofloxacin | ||||||
ofloxacin | ||||||
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 | fluoroquinolones | |
moxifloxacin | Uncertain significance | |||||
levofloxacin | Uncertain significance | |||||
ciprofloxacin | ||||||
ofloxacin | ||||||
gyrA | 7892 | c.591G>A | synonymous_variant | 1.0 | fluoroquinolones | |
moxifloxacin | ||||||
levofloxacin | ||||||
ciprofloxacin | ||||||
ofloxacin | ||||||
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 | fluoroquinolones | |
moxifloxacin | Uncertain significance | |||||
levofloxacin | Uncertain significance | |||||
ciprofloxacin | ||||||
ofloxacin | ||||||
ccsA | 620029 | c.139C>T | synonymous_variant | 1.0 | capreomycin | |
amikacin | ||||||
rpoB | 759620 | c.-187A>C | upstream_gene_variant | 0.23 | rifampicin | |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 | clofazimine | Uncertain significance |
bedaquiline | Uncertain significance | |||||
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 | streptomycin | Uncertain significance |
Rv1258c | 1406101 | p.Pro414Ser | missense_variant | 1.0 | streptomycin | Uncertain significance |
pyrazinamide | Uncertain significance | |||||
isoniazid | Uncertain significance | |||||
embR | 1417416 | c.-69G>A | upstream_gene_variant | 1.0 | ethambutol | Uncertain significance |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472422 | n.577T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472435 | n.590T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472437 | n.592T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472438 | n.593T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472448 | n.603T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1472449 | n.604C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472450 | n.605A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472452 | n.607G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472460 | n.615T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472464 | n.619A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472473 | n.628G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472489 | n.644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472494 | n.649A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472496 | n.651T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472498 | n.653C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472581 | n.736A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472583 | n.738T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472655 | n.810G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1472953 | n.1108G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1472958 | n.1113A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472988 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473053 | n.1208T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | ||||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473094 | n.1249T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473123 | n.1278A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1473165 | n.1320C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473201 | n.1356A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473202 | n.1357C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473270 | n.1425G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473283 | n.1438T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473291 | n.1446G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473294 | n.1449A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
kanamycin | Uncertain significance | |||||
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance | |||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | Uncertain significance | |||||
rrs | 1473300 | n.1455C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473301 | n.1456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473315 | n.1470T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
kanamycin | ||||||
capreomycin | ||||||
amikacin | ||||||
aminoglycosides | ||||||
streptomycin | ||||||
rrl | 1473395 | n.-263G>A | upstream_gene_variant | 0.11 | linezolid | |
rrl | 1473760 | n.103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | linezolid | |
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rrl | 1474825 | n.1168G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
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rrl | 1476748 | n.3091A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | linezolid | |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 | capreomycin | |
PPE35 | 2167786 | p.Phe943Val | missense_variant | 0.1 | pyrazinamide | |
PPE35 | 2168463 | p.Pro717His | missense_variant | 0.1 | pyrazinamide | |
PPE35 | 2168505 | p.Gly703Asp | missense_variant | 0.12 | pyrazinamide | |
PPE35 | 2168840 | c.1773T>C | synonymous_variant | 0.12 | pyrazinamide | |
PPE35 | 2168875 | p.Asn580Asp | missense_variant | 0.13 | pyrazinamide | |
PPE35 | 2168891 | c.1722A>C | synonymous_variant | 0.14 | pyrazinamide | |
PPE35 | 2168914 | c.1684_1698delTCGGTGACGGTTCCG | conservative_inframe_deletion | 1.0 | pyrazinamide | |
PPE35 | 2168987 | c.1626A>G | synonymous_variant | 0.11 | pyrazinamide | |
PPE35 | 2170568 | p.Ile15Met | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide | |
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bedaquiline | ||||||
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 | clofazimine | Uncertain significance |
bedaquiline | Uncertain significance | |||||
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amikacin | ||||||
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embC | 4242419 | p.Ser853Arg | missense_variant | 0.11 | ethambutol | |
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embA | 4245544 | p.Gly771Ala | missense_variant | 0.11 | ethambutol | |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 | streptomycin | Uncertain significance |
capreomycin | Uncertain significance | |||||
amikacin | Uncertain significance |