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Run: ERR10796583
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Run ID: ERR10796583

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:57

Number of reads: 3420145

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.3
ccsA 619726 c.-165G>T upstream_gene_variant 0.17
ccsA 619993 p.Glu35Lys missense_variant 0.22
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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