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Run: ERR10796630
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Run ID: ERR10796630

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Date: 31-03-2023 11:12:51

Number of reads: 574120

Percentage reads mapped: 99.99

Strain:

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98 streptomycin
katG 2156108 p.Pro2Ser missense_variant 0.25 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5072 c.-168G>T upstream_gene_variant 0.75
gyrB 6153 p.Ala305Val missense_variant 0.64
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 0.9
gyrB 7121 p.Pro628Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8493 p.Leu398Phe missense_variant 0.75
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.73
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9522 p.Pro741Ser missense_variant 0.67
fgd1 491498 p.Pro239Gln missense_variant 0.2
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 0.89
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620600 p.Phe237Tyr missense_variant 0.5
rpoB 759989 c.183G>A synonymous_variant 0.75
rpoB 760235 c.429T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 760298 c.492G>C synonymous_variant 0.4
rpoB 760310 c.504G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760313 c.507G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760880 c.1074G>A synonymous_variant 0.29
rpoB 760969 p.Ser388Leu missense_variant 1.0
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 0.6
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.86
rpoC 763034 c.-336C>G upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763085 c.-285C>G upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763107 p.Val1101Ile missense_variant 0.22
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.4
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.5
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.5
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.89
rpoC 764665 c.1296C>G synonymous_variant 0.92
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.92
rpoC 764728 c.1359G>A synonymous_variant 0.3
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 765085 c.1716T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 766393 c.3024C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 767119 c.3750A>G synonymous_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775793 c.2688C>A synonymous_variant 0.18
mmpL5 776081 c.2400G>A synonymous_variant 0.18
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.6
mmpL5 777500 c.981C>A synonymous_variant 0.5
mmpR5 778990 p.Val1Met missense_variant 0.29
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800612 c.-197A>G upstream_gene_variant 0.6
rplC 800618 c.-191T>C upstream_gene_variant 0.6
rplC 800627 c.-182C>T upstream_gene_variant 0.5
rplC 800648 c.-161A>T upstream_gene_variant 0.33
rplC 800654 c.-155T>C upstream_gene_variant 0.43
rplC 800693 c.-116A>G upstream_gene_variant 0.23
rplC 800703 c.-106T>C upstream_gene_variant 0.2
rplC 800715 c.-94A>C upstream_gene_variant 0.19
rplC 800720 c.-89T>C upstream_gene_variant 0.19
rplC 800723 c.-86C>G upstream_gene_variant 0.18
Rv1258c 1406685 p.Val219Ala missense_variant 1.0
Rv1258c 1407155 c.186C>A synonymous_variant 0.33
embR 1416633 p.Leu239Val missense_variant 0.75
embR 1416980 p.Val123Gly missense_variant 0.4
atpE 1461076 p.Ile11Asn missense_variant 0.25
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471852 n.7T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1471858 n.13A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471866 n.21C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1471918 n.73A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472328 n.483G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472498 n.653C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
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rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474832 n.1175A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474901 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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