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Run: ERR4818570
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Run ID: ERR4818570

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:38:06

Number of reads: 2456227

Percentage reads mapped: 84.89

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.11
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474201 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474406 n.749T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475184 n.1527T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475755 n.2099_2102delTAAC non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475761 n.2104C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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