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Run: ERR4818904
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Run ID: ERR4818904

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:49:06

Number of reads: 1589889

Percentage reads mapped: 83.13

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.27
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762920 c.-450C>G upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762959 c.-411G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763504 c.135C>A synonymous_variant 0.19
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763528 c.159G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763537 c.168C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.15
rpoC 763558 c.189C>A synonymous_variant 0.15
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763597 c.228G>A synonymous_variant 0.16
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763672 c.303C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763699 c.330G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.11
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764683 c.1314G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764706 p.Leu446Pro missense_variant 0.11
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764752 c.1383G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764755 c.1386C>T synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416232 p.Cys372Gly missense_variant 0.11
atpE 1460907 c.-138T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471889 n.44G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471967 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471970 n.125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471972 n.127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471980 n.135G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471981 n.136C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471997 n.152T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472092 n.247C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472120 n.275G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472245 n.400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472380 n.535G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472506 n.661A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472572 n.727T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473157 n.1312C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473833 n.176_177insT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473887 n.230T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473889 n.232G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473898 n.241C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474278 n.621G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474498 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474505 n.848C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474520 n.863A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474905 n.1248T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
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rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475650 n.1993A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475655 n.1998T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475697 n.2040C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475761 n.2105_2106delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475963 n.2306G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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