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Run: ERR4819772

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Run ID: ERR4819772

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:17:50

Number of reads: 1392158

Percentage reads mapped: 75.98

Strain: lineage1.1.3.1

Drug-resistance: RR-TB


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.21 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.14
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.19
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.2
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.2
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.2
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761683 c.1883_1884delCG frameshift_variant 0.12
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762212 c.2406G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 0.16
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.2
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.2
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.2
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.3
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.32
rpoB 762266 c.2460T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762281 c.2475G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 762293 c.2487T>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762655 p.Ala950Val missense_variant 0.11
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.14
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.28
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.32
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.35
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.37
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.37
rpoC 763082 c.-288C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.31
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.16
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.16
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.19
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.17
rpoC 763609 c.240C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.18
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.19
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.16
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.13
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.12
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.16
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.28
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.28
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.48
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.36
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.46
rpoC 764651 c.1282_1284delTCGinsAGC synonymous_variant 0.15
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.23
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.48
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.39
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.39
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.29
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801442 p.Ile212Val missense_variant 0.13
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472426 n.581T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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