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Run: ERR736820
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Run ID: ERR736820

Sample name:

Date: 02-04-2023 04:19:24

Number of reads: 4754780

Percentage reads mapped: 89.33

Strain: lineage1.2.2.2

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 1.0
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761139 p.His445Asn missense_variant 0.98 rifampicin
rrs 1472359 n.514A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89 streptomycin
inhA 1674481 p.Ser94Ala missense_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763552 c.183C>T synonymous_variant 0.95
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779625 c.-720G>A upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472508 n.663T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472793 n.948A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472862 n.1017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474166 n.509G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474179 n.522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474688 n.1031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474777 n.1120T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475655 n.1998T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475740 n.2083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475982 n.2325G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102240 p.Arg268His missense_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168742 p.Gly624Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4038328 p.Glu793Gln missense_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
clpC1 4040719 c.-15A>G upstream_gene_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242559 c.-674G>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245670 p.Ala813Gly missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4246979 p.Gly156Cys missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4267960 p.Val293Met missense_variant 1.0
ubiA 4269044 p.Val264Met missense_variant 1.0
ubiA 4269162 p.Leu224Phe missense_variant 0.99
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326148 c.1326G>T synonymous_variant 1.0
ethA 4326439 p.Asn345Lys missense_variant 1.0
whiB6 4338203 p.Arg107Cys missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407848 p.Ala119Thr missense_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0