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Run: SRR2101312
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Run ID: SRR2101312

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:38:41

Number of reads: 412055

Percentage reads mapped: 56.57

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.99
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.98
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761100 p.Gln432Lys missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.92 streptomycin
inhA 1674048 c.-154G>A upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2153926 c.2185delG frameshift_variant 0.14 isoniazid, isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9314 c.2013G>T synonymous_variant 0.13
fgd1 491316 c.534C>G synonymous_variant 0.14
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 760359 p.Ile185Val missense_variant 0.11
rpoB 760818 p.Tyr338Asn missense_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 765935 p.Ala856Thr missense_variant 0.45
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 776789 c.1692C>T synonymous_variant 0.12
mmpL5 777335 c.1146C>A synonymous_variant 0.14
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1417280 p.Ile23Asn missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473111 n.1266A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475119 n.1462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475754 n.2097G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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