Run ID: ERR10796566
Sample name:
Date: 31-03-2023 11:11:37
Number of reads: 1421627
Percentage reads mapped: 100.0
Strain: lineage4.9;lineage4.3.4
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 0.96 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 0.15 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
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ethA | 4327193 | c.280dupA | frameshift_variant | 1.0 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
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gyrA | 9076 | p.Arg592Leu | missense_variant | 0.4 |
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rpoC | 763570 | c.201G>C | synonymous_variant | 0.67 |
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rpoC | 763621 | c.252C>A | synonymous_variant | 0.5 |
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