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Run: ERR10796566
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Run ID: ERR10796566

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:37

Number of reads: 1421627

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.9;lineage4.3.4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.96
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.15
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4327193 c.280dupA frameshift_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9076 p.Arg592Leu missense_variant 0.4
fgd1 490986 c.204G>A synonymous_variant 0.67
ccsA 620191 p.Ala101Ser missense_variant 0.67
rpoC 763528 c.159G>T synonymous_variant 0.4
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.4
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.4
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.4
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.4
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763587 p.Ile73Asn missense_variant 0.5
rpoC 763621 c.252C>A synonymous_variant 0.5
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.5
rpoC 763630 c.261G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.5
rpoC 764664 p.Val432Ala missense_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776236 p.Thr749Pro missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472080 n.235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472506 n.661A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473293 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1473392 n.-266C>A upstream_gene_variant 0.5
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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