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Run: ERR176781
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Run ID: ERR176781

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:13:01

Number of reads: 543615

Percentage reads mapped: 9.27

Strain: lineage1.1.3.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 0.97
lineage1.1.3.2 Indo-Oceanic NA RD239 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5078 c.-162_-161insG upstream_gene_variant 1.0
gyrB 5627 p.Ala130Thr missense_variant 0.18
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8188 p.Leu296Pro missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.5
fgd1 490848 c.66A>G synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575990 p.Val215Ile missense_variant 0.13
ccsA 619695 c.-196G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
rpoC 765812 p.Arg815Gly missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801166 p.Gly120Ser missense_variant 1.0
fbiC 1303118 p.Ala63Val missense_variant 0.22
Rv1258c 1406573 c.768A>G synonymous_variant 0.17
Rv1258c 1407501 c.-161C>T upstream_gene_variant 0.15
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472117 n.272A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472128 n.283G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472714 n.869A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473131 n.1286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473262 n.1417T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474201 n.544T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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