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Run: ERR4812763
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Run ID: ERR4812763

Sample name:

Date: 01-04-2023 12:19:26

Number of reads: 5267068

Percentage reads mapped: 78.84

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.19
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764405 c.1036A>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764410 c.1041G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764428 c.1059G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764431 c.1062G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764435 c.1066A>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.13
rpoC 764446 c.1077T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764449 c.1080G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764452 c.1083T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764491 c.1122G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.13
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764530 c.1161C>G synonymous_variant 0.14
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rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.15
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.16
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rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
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mmpS5 779630 c.-725T>C upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472298 n.453_454insC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
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