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Run: ERR4818440
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Run ID: ERR4818440

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:33:26

Number of reads: 2035167

Percentage reads mapped: 58.66

Strain: lineage6.3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage6 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
lineage6.3 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
lineage6.3.1 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472122 n.277G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760969 p.Ser388Leu missense_variant 1.0
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 1.0
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.11
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.11
rpoC 762893 c.-477C>T upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763046 p.Gln1080His missense_variant 0.12
rpoC 764389 p.Leu340Phe missense_variant 0.1
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGT synonymous_variant 0.11
rpoC 764419 c.1050C>T synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472096 n.251T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472100 n.255T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472118 n.273A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472427 n.582T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472524 n.679G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472584 n.739A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472806 n.961A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472896 n.1051T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473116 n.1271A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473150 n.1305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473158 n.1313T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473161 n.1316A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473259 n.1414C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473312 n.1467G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473317 n.1472G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474199 n.542G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474245 n.588G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474273 n.616A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474276 n.619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474277 n.620C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474468 n.811G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474479 n.822A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474482 n.825G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474501 n.844A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474753 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474766 n.1109A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474785 n.1128T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474826 n.1169T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474832 n.1175A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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