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Run: ERR4820484
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Run ID: ERR4820484

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:42:37

Number of reads: 2590386

Percentage reads mapped: 92.62

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5180 c.-60T>G upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 764705 p.Leu446Ala missense_variant 0.1
rpoC 764722 c.1353G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417166 c.181delG frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471969 n.124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471970 n.125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471991 n.146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471997 n.152T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471998 n.153G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472005 n.160T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472068 n.223T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472425 n.580T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472494 n.649A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472508 n.663T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472673 n.828T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472862 n.1017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473887 n.230T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473888 n.231T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474153 n.496C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474166 n.509G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474179 n.522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474232 n.575C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474239 n.582G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474317 n.660G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474349 n.692A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474359 n.702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474374 n.717T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474381 n.724T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474406 n.749T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474651 n.995delT non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474662 n.1005C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474688 n.1031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474806 n.1149A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475508 n.1851A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475532 n.1875A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475655 n.1998T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475740 n.2083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475757 n.2100_2101insGCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475760 n.2103_2104insTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475763 n.2106C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475883 n.2226A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475982 n.2325G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476015 n.2358G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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