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Run: ERR9786276
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Run ID: ERR9786276

Sample name:

Date: 02-04-2023 12:19:56

Number of reads: 3797984

Percentage reads mapped: 91.77

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777292 p.Ala397Ser missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472580 n.735C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474638 n.981C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474662 n.1005C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474664 n.1007G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474666 n.1009T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474670 n.1013C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474679 n.1022G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474684 n.1027T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474687 n.1030C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474688 n.1031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474708 n.1052dupG non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474711 n.1054_1055insA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476300 n.2643G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065453 p.Gln247* stop_gained 0.73
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 0.93
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0