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Run: SRR21686597
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Run ID: SRR21686597

Sample name:

Date: 04-04-2023 02:57:14

Number of reads: 2270603

Percentage reads mapped: 93.85

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8364 p.Thr355Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472606 n.761C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472645 n.800G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472666 n.821G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
folC 2746588 c.1011C>A synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878641 c.-135delG upstream_gene_variant 0.67
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0