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Run: SRR6982076
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Run ID: SRR6982076

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:26:33

Number of reads: 41973

Percentage reads mapped: 4.28

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575806 c.459G>T synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472152 n.307C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472396 n.551A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475871 n.2214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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