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Run: ERR4817434
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Run ID: ERR4817434

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:59:40

Number of reads: 2153109

Percentage reads mapped: 82.25

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6844 c.-458T>C upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491103 c.321C>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762441 c.-929C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.93
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.18
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 778294 p.Ser63Pro missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1471925 n.80_81insAAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471931 n.87_89delAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471967 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471980 n.135G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471981 n.136C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472017 n.172C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472397 n.552T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473679 n.22T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473696 n.39T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473698 n.41G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473700 n.43G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473719 n.62G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473724 n.67T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473731 n.74T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473750 n.93C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474166 n.509G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474286 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474291 n.635_649delTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474311 n.656_657dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475027 n.1370G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475031 n.1374G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475033 n.1376G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475756 n.2101_2108delACCCGCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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