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Run: SRR2101802
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Run ID: SRR2101802

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:55:17

Number of reads: 531061

Percentage reads mapped: 52.34

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 0.98
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 0.97
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9487 p.Gly729Val missense_variant 0.12
ccsA 619888 c.-3C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoB 762994 p.Gly1063Val missense_variant 0.18
rpoC 767206 c.3837C>T synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 0.95
mmpR5 779140 p.Gln51* stop_gained 0.15
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417156 c.192A>G synonymous_variant 0.17
embR 1417223 p.Leu42Trp missense_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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