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Run: SRR21737226
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Run ID: SRR21737226

Sample name:

Date: 04-04-2023 03:25:51

Number of reads: 627558

Percentage reads mapped: 31.96

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9163 p.Pro621Leu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576033 p.Gly229Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 767250 c.3884delC frameshift_variant 0.12
mmpL5 775615 p.Ala956Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472263 n.420delT non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472470 n.625C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473289 n.1444T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrl 1474246 n.589A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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