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Run: SRR6045071
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Run ID: SRR6045071

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:52:28

Number of reads: 3239917

Percentage reads mapped: 73.46

Strain: lineage4.3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.1 Euro-American (LAM) LAM9 None 1.0
lineage4.3.1.1 Euro-American (LAM) LAM9 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.26
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763585 c.216C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471660 n.-186G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473840 n.183A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474022 n.365G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474183 n.527delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474261 n.604C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474413 n.757_776delCCCACACGCGCATACGCGCG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475026 n.1369G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475552 n.1895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1475706 n.2049A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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