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Run: SRR6046275
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Run ID: SRR6046275

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:14:04

Number of reads: 289187

Percentage reads mapped: 13.67

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
gid 4407929 p.Glu92* stop_gained 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9626 c.2325T>C synonymous_variant 0.33
gyrA 9629 c.2328C>G synonymous_variant 0.33
gyrA 9630 p.Val777Ile missense_variant 0.33
gyrA 9635 c.2334T>C synonymous_variant 0.33
gyrA 9638 c.2337C>G synonymous_variant 0.33
gyrA 9644 c.2343T>G synonymous_variant 0.33
gyrA 9650 c.2349G>C synonymous_variant 0.33
gyrA 9656 c.2355C>G synonymous_variant 0.33
gyrA 9665 c.2364A>C synonymous_variant 0.4
gyrA 9666 p.Arg789Gly missense_variant 0.4
gyrA 9674 c.2373T>C synonymous_variant 0.33
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763588 c.219C>T synonymous_variant 0.4
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.4
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.4
rpoC 763606 c.237C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 763609 c.240C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.33
rpoC 763642 c.273G>T synonymous_variant 0.29
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.25
rpoC 763663 c.294C>T synonymous_variant 0.25
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 778021 p.Ala154Thr missense_variant 0.22
rpsL 781363 c.-197T>G upstream_gene_variant 0.3
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304724 c.1794A>G synonymous_variant 0.25
fbiC 1304727 c.1797A>G synonymous_variant 0.22
fbiC 1304739 c.1809C>T synonymous_variant 0.25
fbiC 1304742 c.1812T>C synonymous_variant 0.25
fbiC 1304757 c.1827A>G synonymous_variant 0.29
fbiC 1304778 c.1848T>C synonymous_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472061 n.216_217insTT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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