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Run: SRR6896178
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Run ID: SRR6896178

Sample name:

Date: 04-04-2023 17:57:53

Number of reads: 292584

Percentage reads mapped: 17.7

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575694 p.Pro116His missense_variant 0.2
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620123 p.Arg78Leu missense_variant 0.2
ccsA 620238 c.348G>T synonymous_variant 0.15
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761082 p.Gly426Cys missense_variant 0.17
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763071 p.Asp1089Tyr missense_variant 0.4
rpoC 766217 p.Asp950Tyr missense_variant 0.17
rpoC 766500 p.Ala1044Val missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800863 c.58delA frameshift_variant 0.15
fbiC 1303924 p.Gln332Lys missense_variant 0.15
fbiC 1304153 p.Pro408Gln missense_variant 0.14
fbiC 1304515 p.Ala529Ser missense_variant 0.15
fbiC 1305173 p.Asn748Thr missense_variant 0.12
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472501 n.656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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