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Run: ERR10796594
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Run ID: ERR10796594

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:10

Number of reads: 121756

Percentage reads mapped: 99.61

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762932 c.-438G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 1.0
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 1.0
rpoC 763028 c.-342T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763035 p.Tyr1077His missense_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 1.0
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471854 n.9G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472430 n.585C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473150 n.1305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473161 n.1316A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473312 n.1467G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473317 n.1472G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474582 n.925T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474615 n.958A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474627 n.970G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474655 n.998T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474832 n.1175A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474901 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474944 n.1287G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474945 n.1288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475659 n.2002G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475706 n.2049A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475900 n.2243A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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