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Run: SRR3675261
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Run ID: SRR3675261

Sample name:

Date: 04-04-2023 05:24:50

Number of reads: 901720

Percentage reads mapped: 57.94

Strain: lineage1.2.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.1 Indo-Oceanic EAI2 RD239 1.0
lineage1.2.1.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9260 c.1959G>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576089 c.750_769delTGATCGGCGCGCGGCCCGGG frameshift_variant 0.14
mshA 576638 p.Glu431Lys missense_variant 0.14
ccsA 619949 p.Ser20Leu missense_variant 0.12
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.24
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.29
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764061 p.Pro231Leu missense_variant 0.15
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.12
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764575 c.1206T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 766978 c.3609C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 767079 p.Ala1237Glu missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775746 p.Met912Thr missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801328 c.520C>A synonymous_variant 0.12
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
atpE 1460853 c.-192T>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472484 n.639_640insC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472604 n.759A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473862 n.205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474303 n.646A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474806 n.1149A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474819 n.1162T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474824 n.1167A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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