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Run: SRR7131061
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Run ID: SRR7131061

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:43:47

Number of reads: 2071714

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1416934 c.414G>C synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
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