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Run: ERR4819198
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Run ID: ERR4819198

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Date: 01-04-2023 15:58:37

Number of reads: 922692

Percentage reads mapped: 55.56

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6430 p.Glu397Asp missense_variant 0.18
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 762221 c.2415G>A synonymous_variant 0.13
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.15
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.16
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762257 c.2451C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 762281 c.2475G>A synonymous_variant 0.15
rpoB 762287 c.2481C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.12
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.17
rpoC 763598 p.Arg77Lys missense_variant 0.15
rpoC 763603 c.234C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763606 c.237C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763609 c.240C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763618 c.249C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.15
rpoC 763642 c.273G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.19
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.19
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 763708 c.339G>A synonymous_variant 0.17
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.18
rpoC 763726 c.357C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763732 c.363C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 763747 c.378G>A synonymous_variant 0.14
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.11
rpoC 764326 c.957G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764353 c.984G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764359 c.990C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764365 c.996C>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764371 c.1002G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764374 c.1005C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764377 c.1008C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764380 c.1011G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764387 c.1018T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764404 c.1035C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGT synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781754 c.195G>A synonymous_variant 0.17
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.2
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.21
rpsL 781772 c.213C>T synonymous_variant 0.35
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.25
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.24
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.24
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.26
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.26
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.25
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.23
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.23
rpsL 781838 c.279G>T synonymous_variant 0.22
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1416259 c.1089G>C synonymous_variant 0.1
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474184 n.527C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474276 n.619C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474277 n.620C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474406 n.749T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474413 n.757_777delCCCACACGCGCATACGCGCGT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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