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Run: SRR10315693
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Run ID: SRR10315693

Sample name:

Date: 02-04-2023 17:15:54

Number of reads: 8304415

Percentage reads mapped: 85.96

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761095 p.Leu430Pro missense_variant 1.0 rifampicin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7323 p.Pro8Ala missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.26
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.16
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776659 p.Asp608Asn missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.98
PPE35 2168501 p.Phe704Leu missense_variant 1.0
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.17
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.46
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878381 c.127C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embA 4243290 p.Ser20Ala missense_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.25
embB 4247121 p.Ser203Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408397 c.-195A>G upstream_gene_variant 1.0