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Run: SRR5818397
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Run ID: SRR5818397

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:17:28

Number of reads: 515623

Percentage reads mapped: 89.36

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
mmpR5 779050 p.Glu21Lys missense_variant 0.27
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472119 n.274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475989 n.2332T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475992 n.2335T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475996 n.2339T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476007 n.2350T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476029 n.2372A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476064 n.2407A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476205 n.2548A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476213 n.2556G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476548 n.2891T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918745 c.806A>T stop_lost&splice_region_variant 0.5
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
ethA 4326764 p.Ala237Val missense_variant 0.25
ethR 4326967 c.-582C>T upstream_gene_variant 0.25
ethR 4327027 c.-522C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0