Run ID: ERR10796581
Sample name:
Date: 31-03-2023 11:11:55
Number of reads: 1214766
Percentage reads mapped: 99.99
Strain: lineage4.1.2
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 0.96 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 0.98 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
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rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 0.12 | isoniazid, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7694 | c.393A>G | synonymous_variant | 0.2 |
gyrA | 7767 | p.Tyr156His | missense_variant | 0.22 |
gyrA | 8229 | p.Val310Phe | missense_variant | 0.15 |
gyrA | 9084 | p.His595Asp | missense_variant | 0.22 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9616 | p.Ser772Asn | missense_variant | 0.18 |
mshA | 575295 | c.-53G>T | upstream_gene_variant | 0.33 |
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rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 0.5 |
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mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 0.12 |
mmpL5 | 777026 | c.1455C>T | synonymous_variant | 0.3 |
mmpL5 | 777084 | p.Asn466Ile | missense_variant | 0.2 |
mmpL5 | 777654 | p.Asp276Val | missense_variant | 0.14 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406199 | p.Leu381His | missense_variant | 0.2 |
embR | 1417140 | p.Ala70Ser | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472080 | n.235G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472102 | n.257G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
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rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
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