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Run: ERR3324373
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Run ID: ERR3324373

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:51:09

Number of reads: 1000868

Percentage reads mapped: 50.14

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289199 p.Glu15* stop_gained 1.0 pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326648 c.825dupG frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7543 p.Met81Lys missense_variant 0.15
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575660 p.Pro105Thr missense_variant 1.0
mshA 575663 p.Gly106Arg missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764817 p.Val483Ala missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777317 c.1164C>A synonymous_variant 0.2
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473126 n.1282delG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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