Run ID: ERR3324373
Sample name:
Date: 01-04-2023 01:51:09
Number of reads: 1000868
Percentage reads mapped: 50.14
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
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lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
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embB | 4247429 | p.Met306Val | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
ethA | 4326648 | c.825dupG | frameshift_variant | 1.0 | ethionamide, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7543 | p.Met81Lys | missense_variant | 0.15 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
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mshA | 575663 | p.Gly106Arg | missense_variant | 1.0 |
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mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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