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Run: ERR6866241
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Run ID: ERR6866241

Sample name:

Date: 02-04-2023 03:19:57

Number of reads: 1780227

Percentage reads mapped: 83.45

Strain: lineage4.3.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6583 c.-719G>A upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 760991 c.1185G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.16
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761064 p.Ala420Ser missense_variant 0.13
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763551 p.Tyr61Ser missense_variant 0.11
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763624 c.255C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 763625 p.Lys86Gly missense_variant 0.1
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764680 p.Lys437Asn missense_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472288 n.443A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472685 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474153 n.496C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474166 n.509G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474179 n.522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474291 n.635_649delTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474353 n.696A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474355 n.698A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474356 n.699T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474381 n.724T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474507 n.850G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474664 n.1007G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475763 n.2107_2112delAAGGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476287 n.2631_2639delTCCGGCACC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476301 n.2644_2645insCGGTGGCTT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476422 n.2765C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476430 n.2773G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476431 n.2774G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rpsA 1833979 c.438T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1833985 c.444G>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1833994 c.453G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1833997 c.456G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834318 c.777C>G synonymous_variant 0.1
rpsA 1834378 c.837T>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1834384 c.843A>G synonymous_variant 0.14
rpsA 1834395 p.Arg285Gln missense_variant 0.15
rpsA 1834408 c.867C>G synonymous_variant 0.14
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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PPE35 2169053 c.1560T>C synonymous_variant 1.0
PPE35 2169056 c.1557A>G synonymous_variant 0.78
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