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Run: SRR12199461

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Run ID: SRR12199461

Sample name:

Date: 03-04-2023 06:41:55

Number of reads: 489739

Percentage reads mapped: 45.91

Strain: lineage1.1.3.1

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 6436 c.-866C>T upstream_gene_variant 0.95
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490685 c.-98G>T upstream_gene_variant 1.0
fgd1 491007 c.225G>A synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575645 p.Val100Met missense_variant 0.15
rpoB 761735 c.1929C>A synonymous_variant 0.15
rpoB 761811 p.Phe669Val missense_variant 0.11
rpoC 762407 c.-963G>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
rpoC 767050 p.Gln1227His missense_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776003 c.2478C>T synonymous_variant 0.2
mmpL5 776018 c.2463G>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 776021 c.2460G>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777075 p.Ala469Val missense_variant 0.17
mmpL5 777572 c.909C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 777885 p.Ala199Ile missense_variant 0.22
mmpL5 777888 p.Gln198Leu missense_variant 0.22
mmpL5 777891 p.Gln197Leu missense_variant 0.25
mmpL5 777894 p.Gln196Leu missense_variant 0.25
mmpL5 777896 p.Asp195Gly missense_variant 0.25
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406629 c.712C>T synonymous_variant 0.18
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
atpE 1460931 c.-113delT upstream_gene_variant 0.22
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472950 n.1106_1109delTTGT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472957 n.1112C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472959 n.1114_1115insTTTA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473054 n.1209C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473083 n.1238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473128 n.1283C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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