TB-Profiler result

Run: SRR12199461
Summary

Run ID: SRR12199461

Sample name:

Date: 03-04-2023 06:41:55

Number of reads: 489739

Percentage reads mapped: 45.91

Strain: lineage1.1.3.1

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 6436 c.-866C>T upstream_gene_variant 0.95
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490685 c.-98G>T upstream_gene_variant 1.0
fgd1 491007 c.225G>A synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575645 p.Val100Met missense_variant 0.15
rpoB 761735 c.1929C>A synonymous_variant 0.15
rpoB 761811 p.Phe669Val missense_variant 0.11
rpoC 762407 c.-963G>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
rpoC 767050 p.Gln1227His missense_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776003 c.2478C>T synonymous_variant 0.2
mmpL5 776018 c.2463G>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 776021 c.2460G>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777075 p.Ala469Val missense_variant 0.17
mmpL5 777572 c.909C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 777885 p.Ala199Ile missense_variant 0.22
mmpL5 777888 p.Gln198Leu missense_variant 0.22
mmpL5 777891 p.Gln197Leu missense_variant 0.25
mmpL5 777894 p.Gln196Leu missense_variant 0.25
mmpL5 777896 p.Asp195Gly missense_variant 0.25
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406629 c.712C>T synonymous_variant 0.18
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
atpE 1460931 c.-113delT upstream_gene_variant 0.22
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472950 n.1106_1109delTTGT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472957 n.1112C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472959 n.1114_1115insTTTA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473054 n.1209C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473083 n.1238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473128 n.1283C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473953 n.296T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474479 n.822A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474482 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475046 n.1389A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475049 n.1392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475057 n.1400G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475061 n.1404C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475076 n.1419C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475088 n.1431A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475099 n.1442G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475106 n.1449G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475776 n.2119G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
fabG1 1673923 p.Gly162Cys missense_variant 0.13
inhA 1675008 c.807C>A synonymous_variant 0.22
rpsA 1833381 c.-161T>C upstream_gene_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102653 p.His130Glu missense_variant 0.13
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2222682 p.Trp161Cys missense_variant 0.29
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289891 c.-650G>A upstream_gene_variant 0.4
kasA 2518125 p.Pro4His missense_variant 0.15
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
kasA 2518592 p.Ala160Thr missense_variant 0.18
kasA 2519140 c.1026G>C synonymous_variant 0.28
kasA 2519143 c.1029G>C synonymous_variant 0.28
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2746541 p.Ala353Glu missense_variant 0.29
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3065371 p.Arg274Met missense_variant 0.14
thyA 3074645 c.-174T>G upstream_gene_variant 0.33
thyA 3074648 c.-177T>G upstream_gene_variant 0.33
ald 3086750 c.-70A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448574 c.71_72insA frameshift_variant 0.15
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3474602 p.Arg199His missense_variant 0.13
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
Rv3236c 3612701 p.Asp139Gly missense_variant 0.5
fbiA 3640372 c.-171A>G upstream_gene_variant 0.41
alr 3840689 c.732C>T synonymous_variant 1.0
alr 3841253 c.168C>T synonymous_variant 1.0
alr 3841277 c.144C>T synonymous_variant 1.0
alr 3841546 c.-126C>A upstream_gene_variant 0.21
clpC1 4039645 p.His354Asp missense_variant 0.13
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
panD 4044338 c.-57C>A upstream_gene_variant 0.25
embC 4239962 p.Val34Leu missense_variant 0.13
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embC 4241971 c.2109T>C synonymous_variant 0.13
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4244562 p.Arg444Trp missense_variant 0.14
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4246765 c.252G>A synonymous_variant 0.22
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
embB 4249614 p.Gly1034Asp missense_variant 0.22
aftB 4267728 p.Trp370* stop_gained 0.25
ubiA 4269511 p.Val108Ala missense_variant 0.25
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269942 c.-110delT upstream_gene_variant 0.25
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407780 c.423G>A synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0
gid 4407988 p.Ala72Val missense_variant 0.14
gid 4408472 c.-270C>T upstream_gene_variant 0.2
whiB6 4338429 c.-218_92del frameshift_variant&start_lost 1.0