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Run: SRR5818448
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Run ID: SRR5818448

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:30:19

Number of reads: 356449

Percentage reads mapped: 93.43

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6454 c.-848C>T upstream_gene_variant 0.99
gyrA 6721 c.-581C>T upstream_gene_variant 0.99
gyrA 6739 c.-563C>T upstream_gene_variant 0.99
rplC 801267 c.459A>G synonymous_variant 0.97
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472026 n.182_188delCACGGGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472037 n.192_193insCTTTAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472119 n.274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 1.0
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475989 n.2332T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475992 n.2335T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475996 n.2339T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476007 n.2350T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476064 n.2407A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476105 n.2448G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476106 n.2449A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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